附睾结核的治疗是一个长期的过程，平时需要注意休息，加强营养，多吃新鲜的蔬菜和水果，以补充丰富的维生素，并且可以采用日光疗法。
药物治疗主要是以抗结核药物治疗为主，如果附睾结核的病变比较严重，或者已经出现了寒性的脓肿和周围形成窦道时，可以选择行附睾切除术，术中应该注意保护睾丸的血液供应，以免出现术后睾丸萎缩，在行手术之前，应该至少抗结核两周。
手术之后根据病情可以继续使用抗结核药物，治疗半年到一年。患者如果对常用的抗结核药物耐药，可以加用第3代的喹诺酮类药物治疗。