女性非淋菌性尿道炎通常使用药物方法来进行治疗。应当提取尿道的分泌物，做涂片检查以及病原体检查，确定病原体类型，选用相应的药物进行治疗。
治疗非淋菌性尿道炎常见药物有阿奇霉素、四环素、左氧氟沙星，也可选用中成药物来进行治疗，比如银花泌尿灵片。通过药物的治疗，能够将尿道内的病原体消灭，彻底去除病因，缓解不适症状。
如果患者还合并有其它并发症，还应积极的治疗其它并发疾病，没有并发症者，只要及时的进行治疗，一般都会得到根治。