肺部真菌感染多不能自愈。肺部真菌感染可以因感染的真菌种类和感染的程度不同，患者的病情也轻重不一。
对于肺部真菌感染的患者如果未及时有效治疗，大多数情况下其病情有可能会进一步加重，还有可能产生相关的并发症而影响患者预后。还有部分患者存在免疫力低下的情况，此时更不会自愈。
此类免疫力下降的患者如果未及时有效抗感染治疗，肺部感染程度多可加重，甚至危及其生命。特别是肺部曲霉菌、毛霉菌感染的病情多比较严重，有时还可以伴有咳嗽、咳脓性痰、咳血等症状，更应该及时抗感染对症治疗。少数肺隐球菌病的患者其感染呈现单发结节，基础抵抗力正常，无症状，有时可以暂不治疗，密切随访观察。
总之，发现肺部真菌感染时多需要早期选择敏感的抗真菌药物治疗，避免盲目等待其自愈、以免使病情加重。