肛交是艾滋疾病的重要传播途径之一。
由于肛交时容易造成肛管以及直肠部位损伤，艾滋病毒以及常见感染性致病菌容易通过损伤创面入侵而导致感染。避免肛交性行为，有效预防艾滋以及肛周脓肿等感染性疾病发生。性爱过程中全程戴上避孕套进行有效阻隔双方性器官以及分泌物接触，对双方都具有保护效果。不确定对方性健康的情况下，最好是不要安排性生活，能够有效预防艾滋等性疾病感染。
一旦是有无保护的高危性行为，需要做艾滋抗体检查，才能够及时发现是否被感染。