如果确诊是支原体肺炎，这种情况主要就是要应用一些红霉素类的抗菌药物进行治疗，也可以应用阿奇霉素或者红霉素等进行输液，这种情况至少要输液10天左右，然后再改为口服药物，以适当的服用一点止咳的药物，比如福尔可定口服液、复方氨溴特罗口服溶液，以及中成药，然后进行支原体的复查。
如果针对于轻度的支原体肺炎，甚至可以不需要特殊治疗，一般两周左右患者能够自愈。对于重度的，可以使用药物和抗病原体的治疗方式，能够减轻症状和缩短病程。