肛门直肠闭锁术后应该积极预防并发症，加强营养，注意肛门功能的锻炼。
肛门直肠闭锁的患儿，由于消化道的梗阻会出现恶心、呕吐、腹痛、腹胀及食欲不振等症状。一旦确诊后，应该立即行肛门直肠的彩超或者磁共振检查，明确畸形的类型，早期行手术治疗，解除消化道梗阻。
术后要积极的预防感染及其它并发症，注意肛门功能的锻炼以及良好排便习惯的养成，保持大便通畅。肛门直肠闭锁的预后，与患儿肛门直肠肌肉发育程度，手术方式以及术后并发症的预防有关。