继发性肺泡蛋白沉着症可发生于各个年龄段，起病较隐匿，约三分之一患者可无任何临床症状，仅在体检时发现，最常见的首发表现为运动后的呼吸困难，随着病情进展出现进行性的加重，还可出现咳嗽，可为干咳或仅可少量的白黏痰或团块状痰，可伴有乏力、体重减轻、胸痛、咯血、食欲减退，急性期可有发热。婴幼儿呼吸道症状较为隐匿，多表现为生长发育滞后，可有呕吐、腹泻等症状，当出现继发感染时除有发热外，还可出现黄脓痰，严重者患者可以口唇发紫、严重的气喘症状，肺部可闻及干湿性的啰音。