肛裂三联征的患者如果出现肛门疼痛的情况，可以根据疼痛的程度进行对症治疗。
对于轻度和中度的疼痛患者，可以服用一些止痛药物，比如布洛芬和氨酚双氢可待因等。同时每天可以对肛门处进行温水坐浴，也可以应用1:5000的高锰酸钾溶液进行中药坐浴治疗。
日常在肛门处涂抹莫匹罗星软膏或痔疮膏等，也能够在一定程度上缓解疼痛。如果患者肛门疼痛非常剧烈，上述疗法不能够起到很好的镇痛效果，这种情况下建议患者尽早地到医院检查并行手术的治疗。