患有畸形精子症是可以怀孕的，即使通过自然方式受孕的概率较低，畸形精子症是每次射出的精液中，精子畸形的数量多，正常精子的数量在精子总数的4%以下，但是仍然是存在正常精子的。
由于正常精子数量很少，所以通过自然方式受孕的可能性较低，因为正常精子与卵子结合的概率也随之降低。而且即使成功受孕，也有可能是畸形精子与卵子结合造成的，所以胎儿畸形或者流产的概率也会很高。
但是，患有畸形精子症者可以选择试管婴儿，通过体外选择正常的精子与卵子结合成受精卵，再植入女性的子宫内，孕育自己的后代。