对于大部分情况，新型冠状病毒核酸检测是能够确诊新型冠状病毒肺炎的，但要注意核酸检测假阴性或者是假阳性的情况。
确诊新型冠状病毒肺炎，要符合患者有新型冠状病毒肺炎的流行病学接触史、患者的症状及患者的辅助检查。如果患者有新型冠状病毒肺炎的流行病学接触史，包括前往过疫区、接触过疫区归来人员、发热呼吸道疾病呈聚集性发病。患者进行血常规检查，提示白细胞正常或者是偏低，伴或不伴淋巴细胞的降低。肺部CT可以出现新型冠状病毒肺炎特征性的炎症影像学表现。再进行新型冠状病毒核酸检测，如果阳性就可以确诊。
但如果患者以上条件均符合，核酸检测为阴性，要给予患者重复核酸检测。