导致尿道刺痛的原因不同，所服用的药物也不一样。如果尿道刺痛为尿道炎所引起，在确诊后主要是口服抗菌药物进行治疗，比如左氧氟沙星、头孢地尼等。
还可配合口服碳酸氢钠片将尿液碱化，有助于减轻尿道刺痛的症状。如果存在尿道结石，也可能会引起尿道刺痛，可通过使用排石颗粒、尿石通等药物进行排石。如果结石不能排出，可以进行输尿管软镜碎石。
结石在排出体外后，尿道刺痛的症状会逐渐消失。如果是尿道损伤所引起的刺痛，主要是以休息为主，并且清淡饮食、多饮水、多排尿，在5~7天后会逐渐恢复正常。