目前治疗冠状动脉肺动脉瘘主要方法有，经皮介入性栓堵术和外科手术两种。其目的主要是闭合瘘口阻断冠状动脉与肺动脉间的分流，治疗原则是关闭瘘道，而不损伤正常的冠状循环。
导管经皮介入性栓堵术，主要适用于单纯性终末支单瘘口的，冠状动脉瘘尤其适合年轻女性，年老者或合并严重心肺功能不全等手术风险较大者。下列冠状动脉瘘病人需要外科手术治疗，冠状动脉瘘粗大而不适于经导管堵塞者，多发性冠状动脉瘘开口者，冠状动脉瘘扩张明显或伴有大的血管瘤者。