肠胃导致的口臭，先要查明病因后给予相应的药物进行治疗。
肠胃导致的口臭有可能是功能性的或者器质性的疾病。功能性的消化不良导致食物无法及时消化，大量的食物在胃内经过发酵引起较臭的气味。这种情况需要给予多潘立酮、健胃消食片、大山楂丸等药物促进消化吸收，可以改善。
如果是幽门螺旋杆菌引起的，只需要应用抗HP的药物治疗，常用的药物有阿莫西林、克拉霉素、泮托拉唑、胶体果铋胶等药物，通常需要服药6周左右。服药后需要复查，杀灭幽门螺旋杆菌才可以改善口臭的症状。同时要注意口腔的清洁卫生。