卵巢巧克力囊肿是需要通过手术才能根治，一般首选的手术方式是腹腔镜下卵巢巧克力囊肿剥除术。如果患者年纪较大，没有生育的要求，也可以把子宫和附件一并切除。
单纯选择囊肿剥离，在手术以后仍然有复发的可能，所以在术后还要配合其他治疗，比如口服短效避孕药、孕激素，或者放置左炔诺孕酮宫内缓释系统，这样可以显著地降低巧克力囊肿的复发几率。
另外，患者平常要注意生活方式，不盲目地使用各种保健品，避免经期性生活，合理膳食。