新生儿肝炎绝大部分是在妈妈怀孕期间感染的，但是也有少部分是在分娩的时候被感染的。
首先，新生儿肝炎感染特指乙肝或丙肝，在怀孕期间，乙肝病毒或丙肝病毒可以通过胎盘传染给胎儿，使胎儿被感染。
其次，胎儿即使在怀孕期间，乙肝、丙肝病毒未经胎盘传染给胎儿，但是在分娩时胎儿经过产道的挤压，如出现皮肤黏膜破损，孕妇产道分泌物中含有乙肝或丙肝病毒，经过婴儿破损的皮肤黏膜进入体内，这是另一种感染的途径。