心肌酶主要用于检查两种疾病：
第一，心肌炎。不管是病毒性心肌炎还是细菌性的心肌炎，或者其他因素造成的心肌损伤，都可以出现酶谱的升高，都可以通过心肌酶谱化验，并结合患者的病史、临床症状来明确诊断。
第二，急性心肌梗死。在急性心梗发作时由于心肌细胞的缺血性坏死，也会造成心肌酶谱的升高。这种心肌酶谱升高有独有的特点，也就是心肌酶谱会在几天之内出现动态变化，从轻微升高到明显升高，达到高峰以后再逐渐下降恢复正常。通过酶谱的化验，结合患者的症状及心电图动态变化，可以做出急性心梗的诊断。
目前心肌酶谱的化验，主要用于诊断上述两种疾病，特别是其中的肌钙蛋白特异性最强。