急性卡他性结膜炎的致病菌中相对明确，其中最主要的致病菌是肺炎球菌和金黄色葡萄球菌两大类。
金黄色葡萄球菌引发本病的概率较大，各个年龄阶段和季节都可发病，患者会有较多的黏稠性分泌物出现，甚至会在早晨起床的时候分泌物挡住眼睛、睫毛，导致睁眼费力。
而肺炎球菌的感染多见于较冷的冬季，儿童高发，发病患者的穹隆结膜处，可能有明显的结膜下出血和水肿现象。流感嗜血杆菌在儿童中常见，病症严重，可引起眼眶蜂窝织炎或其他全身性感染症状。