尿道口肉芽组织的发生，跟局部的慢性感染有关。致病菌感染，长期慢性炎症刺激，导致局部炎性肉芽组织增生。
可结合药物敏感试验，针对性选择敏感药物抗炎治疗，可促使肉芽组织消散吸收。不洁性行为后，观察到尿道口肉芽组织生长，要考虑人乳头瘤病毒感染。
需要临床专业查看肉芽组织外观性状，结合醋酸白试验鉴别检查，明确病毒感染引起的肉芽组织，可局部激光烧灼或者液氮冷冻治疗，将肉芽组织祛除，同时口服阿昔洛韦等抗病毒药物治疗。