1、急性痛风性关节炎 结节病患者5%～25%可侵犯关节，其中部分表现为急性关节炎。25%的患者可伴血尿酸增高，故易误诊为痛风。但这类关节炎多呈对称性，多关节受累。受累部位以膝、踝近端指（趾）关节及腕、肘关节最常见，单关节炎极罕见。
2、风湿热 两者均可表现多关节、游走性炎症，伴有皮肤结节性红斑。但风湿热更常见于青少年，且病前常有链球菌咽炎病史。实验室检查可发现ASo升高。此外，风湿热较结节病更易出现心脏炎症表现，而肺受累的情况明显减少。
3、类风湿关节炎 当结节病的关节损害呈慢性经过，并累及手、腕等小关节时需与类风湿关节炎相鉴别。但结节病的慢性关节改变多在结节病晚期出现，故常同时并存肺及其他器官受累的表现。另外，结节病的关节损害多呈非侵蚀性。
4、多发性肌炎 肌病型肌肉结节病以近端肌力降低和肌萎缩为主，CK可升高。肌电图也可表现肌原性损害。但对糖皮质激素治疗的反应差，肌活检有助于两者鉴别。5、血管炎 可累及大、中、小血管，当侵犯大血管时酷似大动脉炎。活检可鉴别。
6、肺门淋巴结结核 患者年龄常在20岁以下，可有结核中毒症状，结核菌素试验阳性，有时痰中找到结核菌可确诊。X线检查肺门淋巴结肿大，多为单侧，肺部可见原发病灶。7、肺癌 尤其是中心型肺癌，常伴有肺门淋巴结转移，导致同侧肺门淋巴结肿大，但原发性肺癌或肺外肿瘤转移皆有相应症状。体层摄影、肺CT、纤维支气管镜活检、痰细胞学检查等均有助于鉴别
8、淋巴瘤 在临床、X线和免疫学改变上与结节病颇为相似。常见的全身症状有发热，体重减轻和贫血等，肺门淋巴结肿大常倾向于与右心缘相融合（结节病的肺门淋巴结则常与右心缘分开），常有肺门淋巴结压迫症状。9、肺霉菌病 胸部X线检查有时与结节病相似，痰找霉
菌及霉菌培养有助于鉴别诊断。10.干燥综合征 当结节病侵犯泪腺、腮腺可导致口干、眼干及腺体肿大，易与干燥综合征相混淆。但干燥综合征应有特异性的自身抗体如抗SS-A、抗SS-B或RF、ANA等。病理检查可见淋巴细胞呈灶性浸润，而非干酪样肉芽肿的表现。
11、其他疾病 如左向右分流的先天性心脏病、硅肺、病毒性肺炎、铍肺等也能导致双侧肺门淋巴结肿大，原发性胆管硬化症也属于慢性肉芽肿性病变，但根据各自的特点应不难作出鉴别。