小肚子隐隐作痛要根据疼痛的部位做具体分析，考虑是以下的原因所引起：
1.女性的妇科炎症。比如盆腔炎、附件炎、子宫内膜炎，一般都会引起小肚子发生隐隐作痛的现象。黄体破裂也会引起小肚子出现隐痛的现象。
2.如果是单纯的右侧小腹隐痛，也应当考虑与阑尾炎有关，多见于慢性阑尾炎。
3.泌尿系统疾病。比如膀胱炎、肾盂肾炎，男性前列腺增生、前列腺炎也可以引起小腹隐痛。伴有尿频、尿急、排尿疼痛等尿路刺激征。
4.溃疡性结肠炎、克罗恩病也可以导致小肚子隐痛，还会伴有大便次数增多，排黏液的脓血便等相关的临床症状。