大多数甲状舌管囊肿会逐渐变大的，但是也有一部分甲状舌管囊肿患者会出现大小反复变化的过程。这是因为甲状舌管囊肿的囊壁中含有一些淋巴上皮成分，这种淋巴上皮在外界炎症的刺激下可能分泌的囊液多，炎症情况重会出现囊肿变大。在消炎治疗或者身体状况改善、炎症减轻后，囊肿又会在短时间之内变小，甚至很明显地缓解。
所以从这个角度来讲，有些甲状舌管囊肿在某些特殊的情况下，可能会有暂时性变小的情况。但一定记住只是暂时性变小。从长远来讲，它还会继续变大，甚至越来越大，最终会影响功能和外形，需要手术治疗。
大多数甲状舌管囊肿患者在发现以后，都建议要及时地进行手术治疗，避免囊肿变大，增加手术难度，避免囊肿继发感染造成患者局部的疼痛形成瘘管，增加手术难度。所以，单纯寄希望于甲状舌管囊肿自己变小、不需要做手术，本身是不科学的，也是不现实的。