包涵体性结膜炎是不能自愈的。在急性发作的时候给予药物进行治疗，以免导致结膜肥厚或者角膜上遗留瘢痕。
包涵体性结膜炎主要是由于衣原体感染导致的，而衣原体感染的时候不是仅仅感染眼睛，还会导致胃肠道以及呼吸道等其他组织感染。所以除了局部使用抗菌眼药水之外，还需要联合口服抗生素进行治疗，比如红霉素类，四环素类等。
此外，包涵体性结膜炎的治疗周期一般较长，最好是能够持续3~9个月，这样在后期就不容易复发，而且可以尽可能缩短病程。