神经性头痛呕吐发生后，首先应积极地治疗原发病，如果是偏头痛引起的应进行止痛治疗，可口服非甾体类抗炎药物，病情严重的应用曲普坦类药物对症治疗。
丛集性头痛发病时可用高浓度吸氧、糖皮质激素、曲普坦类药物等进行对症治疗，如果发生恶心、呕吐的患者，应进行止痛治疗，常用的药物主要为甲氧氯普胺。使用保护胃黏膜的药物，例如奥美拉唑，泮托拉唑等。
如果发生头痛严重的，建议患者到神经科就诊，行头CT检查排除脑血管意外，并进行对症治疗。