基底细胞腺瘤和混合瘤的组织成分不同。基底细胞腺瘤多以基底细胞成分为主，肿瘤的成分相对单一，其它细胞的成分较少。混合瘤具有两种或两种以上的成分，多由体内残余的胚胎组织发展而来。
基底细胞腺瘤和混合瘤的发病人群不同。基底细胞腺瘤多发生于中老年的患者，男性患者发病率比较高，肿瘤主要侵犯比较大的涎腺，腮腺是主要的发病部位。混合瘤主要发生于青中年患者，男女发病率没有明显的区别。
基底细胞腺瘤和混合瘤都属于良性肿瘤，都可以表现为无痛性的肿物，对人体的危害相对较小。