导致肛门失禁的原因一般有两种：
一种是由于年龄增大，肛门括约肌肌肉功能减弱导致的，这种肛门失禁经常为不完全失禁，发生在老年人身上，表现为肛门不能有效约束液体及气体，而干燥的粪块还是可以约束的。由于年老导致的肛门失禁，可以通过锻炼肛门括约肌的收缩能力可改善失禁的症状。
还有一种是由于外伤、手术以及颅脑病变等其他原因导致的肛门失禁，这种失禁经常表现为肛门完全性失禁，因为肛门括约肌发生了断裂或者是支配肛门括约肌收缩功能的神经发生了病变，对液体、气体及粪便都不能约束。治疗肛门完全性失禁没有好的方法，可进行手术修补，但取得的治疗效果比较差。