儿童出现心肌酶增高的情况，首先需要考虑心脏器质性疾病和心肌炎导致的心肌损害，需要卧床休息，减轻心脏负担和心肌的损伤，可以进行抗炎、抗病毒治疗。感染得到有效控制后，心肌酶就可以恢复正常水平。
营养心肌的药物包括维生素C、B族维生素、辅酶A、辅酶Q10、细胞色素C等药物，必要时亦可用地塞米松等激素疗法。
合并有心律失常的患儿需要服用抗心律失常药物，改善心肌的供血和传导，能够有效降低升高的心肌酶。