夜里牙疼的原因是多方面的，最常见的原因是出现蛀牙，通常蛀牙程度比较重，引起牙髓的炎症时会有明显的疼痛。夜间睡觉时保持平躺的姿势，会使牙髓腔内部的压力增高，疼痛相对更加明显。
另外，如果在睡觉前吃东西以后没有漱口，特别是进食甜食后会导致大量的细菌滋生，而出现口腔炎症，牙齿也会由于受到刺激而出现疼痛的症状。
牙疼还可能是肠胃疾病引起的，比如经常暴饮、暴食导致胃部消化不良。同时常有胃酸向口腔反流，夜间体位改变，反流得相对明显而导致牙疼。