抗甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体是甲状腺组织中存在的，位于血清中和甲状腺组织反应的一种自身抗体，许多甲状腺疾病与自身免疫有关，抗甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体就是自身免疫性抗体中的两种。一般认为，它们为抑制性的抗体，与甲状腺组织的破坏有关，多见于慢性淋巴细胞性甲状腺炎的患者，可导致甲状腺组织被破坏而导致临床上出现甲状腺功能减退的症状，但是在部分Graves病的患者中也可以存在较高滴度的抗甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体。
这种病人表现为甲亢，但是可以自发的进展为甲减，有自发的发展为甲状腺功能减退的可能性，一般认为，抗甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体滴度明显升高，并且持续较长时间是诊断慢性淋巴细胞性甲状腺炎的依据之一，因小部分的慢性淋巴细胞性甲状腺炎可表现为甲亢，所以如果患者有甲亢突眼等表现，但是抗过氧化物酶抗体、抗甲状腺球蛋白抗体滴度持续的增高半年以上，就要考虑有没有慢性淋巴细胞性甲状腺炎的可能。