对于急性细菌性睾丸炎鉴别，主要是同三种疾病相鉴别：
1、急性睾丸扭转，
2、睾丸恶性肿瘤，
3、急性附睾炎，
因为对于急性附睾炎是位于急性睾丸炎的旁边，二者可能会同时存在，急性睾丸炎患者一般会有睾丸肿大，红肿、热痛，而对于附睾炎医生进行体格检查，触诊会发现附睾有明显的红肿疼痛等感觉，因此可以进行鉴别，必要时可以进行阴囊彩超检查，有助于鉴别诊断。
而对于睾丸恶性肿瘤，患者一般会出现无痛性睾丸肿大，一般会发生在一侧，而另一侧睾丸大小是正常的，与急性细菌性睾丸炎鉴别，主要是睾丸炎有明显的疼痛等感觉，部分患者还会出现发热。