睾丸囊肿与睾丸肿瘤的最大区别是其疾病良恶性质的不同。
睾丸囊肿属于良性疾病，一般情况下不会发生恶性变。在症状不明显、不影响患者生活质量的情况下，是不需要予以治疗的。定期复查观察囊肿数量及大小变化，有无压迫正常组织。
而睾丸肿瘤属于恶性疾病，可逐渐进展，出现局部淋巴结转移等，疾病晚期可危及患者生命。一经诊断，需要限期行手术治疗，评估患者病情可联合放化疗进一步治疗，尽可能延长患者生存期。睾丸肿瘤的患者睾丸功能可受到明显影响，导致精子质量异常，影响生育能力。