男性小腹两侧隐隐作痛，可由以下原因引起：
1.慢性前列腺炎。可表现为会阴部、下腹部，以及小腹两侧隐痛不适，还可有尿频、尿急、尿痛，以及排尿时尿路不适感。
2.双侧精索静脉曲张，左侧发病多见，少数为双侧发病。主要表现为阴囊坠胀感，严重者可以出现阴囊胀痛，以及牵扯双侧小腹隐痛不适。
3.输尿管下段结石。多见于小的、未引起急性梗阻的输尿管下段结石，结石刺激可以引起两侧小腹隐隐作痛，多有既往肾结石病史。
4.双侧腹股沟疝。尤其难复性斜疝，表现为双侧小腹部隐痛不适，可有疝内容物进入阴囊。建议根据具体情况，选择医院就诊，明确诊断后治疗。