肠瘘和肠穿孔的区别，主要是病因不同，另外涵盖的范围也有所不同。
严格意义上说，肠瘘也是属于肠穿孔。但是肠瘘通常是在疾病的基础之上发生，比如患者由于小肠有肿块或者小肠有炎症性肠病，甚至在做胃肠手术以后，小肠有吻合口。在小肠的某个部位出现瘘口，导致肠液通过瘘口进入到患者的腹腔当中，就称为肠瘘。
肠穿孔大部分是在外伤的作用下引起，另外也有可能是患者小肠出现梗阻或者其他的一些病变，导致小肠局部有破溃、穿孔，所以就称为肠穿孔。
两者都是小肠的连续性出现了问题，也就是小肠的某一个部位有破口，所以导致肠液渗透到患者的腹腔当中。