非结核分枝杆菌患者，常见的症状是咳嗽、咳痰，大多会出现疲乏、倦怠、无力、低热，有的患者可能会出现咯血等症状。部分患者可能会出现腋窝、下腹股沟、耳后淋巴结肿大，也有些患者可能会有漏管的形成。
有些患者会出现皮肤软组织部位结节，以及局部脓肿的表现，有些患者的病变可能会累及到关节、腱鞘、骨髓、腰椎等部位。少数患者可能会出现肝肿大、脾肿大、白细胞减少、贫血等病情发生。
病变也可以累及到其他组织器官，出现心内膜炎、泌尿生殖系统感染、脑膜炎等病情。