肾囊肿一般发展缓慢，对性功能常没有明显的影响，所以肾囊肿的治疗主要是依据肾囊肿的大小以及伴随的症状。
通常对于肾囊肿直径小于4厘米以下可以定期随诊，观察囊肿的大小、形态以及内部的变化，超声为首选的检测的方法。如果肾囊肿直径大于4厘米，伴有腰痛的情况下，可以在超声引导下行肾囊肿穿刺术，当然，穿刺以后可以注入硬化剂进行囊壁的硬化。对于巨大的肾囊肿，如果直径大于8厘米以上，囊液可能会超过500毫升时，可以进行外科手术治疗，有条件的可以行腹腔镜下囊肿切除术。
随着腹腔镜在泌尿外科的普及，单纯性肾囊肿而行开放性手术的患者就越来越少。