会厌囊肿的并发症主要是容易出现呼吸困难，甚至会发生窒息、昏厥、休克等。
会厌囊肿是生长在会厌的一种良性肿瘤，主要是因为会厌部黏膜反复刺激引起的增生。如果会厌囊肿并不是很大多数情况下没有明显的症状，但是随着会厌囊肿的逐渐增大，当发展到一定程度时，会导致会厌部高度水肿，声门也会变小，并发生黏痰阻塞，从而出现呼吸困难的症状。
当严重阻塞时，甚至有可能会发生窒息，威胁患者的生命。而且当病情进展迅速，使患者的血压会迅速下降，导致昏厥、休克。