抽动症需要与舞蹈症和癫痫等疾病进行鉴别诊断。引起舞蹈症的疾病常见风湿热和肝豆状核变性。
首先诊断抽动症应参考相关病史，如家族内已存在确诊此类疾病的患者，应高度怀疑抽动症的可能。除此以外多伴有多动等行为问题表现，这些都是舞蹈症等疾病所不具备的。
其次抽动症患者抽动的部位多以面部及颈部为首发部位，同时还伴有咒骂、秽语等表现。而舞蹈症患者虽也存在精神症状，但其以手舞足蹈、跳跃样步态为突出表现，同时肝豆状核变性患者可见特殊性角膜色素环及肝脏相关异常表现。
癫痫中的部分性发作也需要与抽动症相鉴别，完善脑电图可辅助诊断。