新生儿脑积水通常为先天畸形所引起。比如脑发育畸形、先天性脊柱裂、先天性大脑导水管狭窄，都会引发新生儿脑积水
如果新生儿脑积水不太严重，可先用非手术疗法进行控制，比如使用抑制脑脊液分泌的药物以及脱水药物。如果脑室内的压力过大或者非手术治疗失败，可选用手术疗法，手术疗法也是脑积水最为有效的方法。手术疗法包括脑室内镜治疗以及脑室腹腔分流手术。
新生儿脑积水治疗时间越早，手术效果也越好。因为随着新生儿身体的发育，脑组织也在不断增大，脑积水情况也就越加严重。因此，新生儿脑积水患者应及早进行治疗。