真菌甲沟炎在外科也是比较常见的一种疾病，主要是由于穿鞋过小或者是由于有脚气引起指甲部的感染，最终引起甲沟炎。
真菌性甲沟炎治疗早期可以用理疗、热敷、外敷油脂软膏。口服抗生素，严重时需要静脉输液治疗，必要时使用抗真菌的药物治疗，已经有脓液的可以在甲沟处做切开引流。
感染如果已经累及到指甲基基部皮下周围时，可在两侧的甲沟个做切口，将甲根上皮翻起，切除指甲的根部。如果已经出现积脓，可以将指甲拔去或将这种脓腔上的指甲剪去，拔甲的时候应该避免损伤甲床，以免日后新生的指甲发生畸形。