脑脓肿是会有后遗症的。脑脓肿一般的后遗症，主要包括肢体的偏瘫、癫痫、智力障碍、意识障碍，以及伤口经久不愈等。脑脓肿为不同致病菌，侵入颅内发生感染而形成的疾病。脑脓肿以后，首先要采取抗感染治疗，尽可能地控制颅内感染以及相关后遗症。
第一，因为脑脓肿的形成会引起的占位效应及水肿发生，会导致患者出现肢体的偏瘫、癫痫等后遗症的发生。
第二，颅内感染、脑脓肿及其炎症因子以及毒素会刺激、损伤脑组织，导致脑功能的受损，治疗不及时会引起患者智力低下。更为严重的，可能会伴有意识障碍等后遗症的出现。
第三，脑脓肿在手术过程中，因为脓液的外溢可能会引起脑室炎和脑实质炎症，长期无法有效控制的情况下，可能会引起伤口的经久不愈，以及脑脊液漏等后遗症的发生。