新生婴儿黄疸过高可对孩子可造成诸多的、不同程度的危害，轻者仅表现有一过性的异常情况，如出现嗜睡、吃奶减少、惊跳等，重者黄疸指数会很快升高至过高，也会短时间内引起出现嗜睡、尖叫、呕吐、惊跳，会很快发展成胆红素脑病。
对孩子中枢神经系统造成一定损伤，可能会引起永久性不可逆性脑损伤，出现后遗症表现，包括脑智力发育障碍、运动发育障碍或是听视觉发育障碍、牙秞质发育障碍等。
另外，在治疗黄疸的过程中也可产生较多的损害，如蓝光照射治疗时，孩子可出现脱水、皮疹、核黄素缺乏、诱发低钙惊厥、腹泻、眼及生殖器官损害等，换血治疗或透淅治疗时感染病毒等。