治疗功能性胃病，首先要让病人认识这种疾病对于健康影响不大，应该让病人建立治疗疾病的信心，并且要改善不良的生活习惯，比如说要忌烟，忌酒，停止服用非甾体抗炎药物等等。
功能性胃病没有特殊的食谱，但是应该避免个人生活经历中会诱发症状的食物，对于失眠和焦虑的患者可以适当应用镇静药，药物治疗方面主要是对症治疗。
如果患者有非进餐相关的消化不良，主要表现为上腹部疼痛或烧灼，可以应用H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂，来抑制胃酸分泌，如果患者有上腹部饱胀，早饱、暧气等等消化不良的症状，可以给予促胃肠动力药物，比如说吗丁啉、莫沙必利或依托必利，对于少部分有幽门螺杆菌感染的患者，要给予根除幽门螺杆菌治疗。病人如果消化不良的症状比较重，也可以给予消化酶和微生态制剂。