瘰痢分枝杆菌的治疗方法可以选择药物治疗，比如利福平、乙胺丁醇、卡那霉素、克拉霉素，有全身基础性疾病的患者应积极治疗基础疾病，比如糖尿病，增强患者的抵抗力，免疫力强的人群也可以不治疗，一般可以自愈。
经过正规治疗后，一般不会出现严重并发症。对于免疫力低，无法自愈的患者，如果不接受正规治疗，可能会造成瘰痢分枝杆菌感染，全身性播散，导致病情迁延不愈，并发脓肿、溃疡、瘢痕，出现畸形和运动障碍的后果。
在日常生活中可以选择慢跑、乒乓球等中强度有氧运动，增强身体抵抗力，均衡饮食，食用低脂优质蛋白，如鸡蛋、瘦肉等，注意个人日常卫生，内衣勤换洗，勤洗手，勤洗澡。