卵巢巧克力囊肿是可以怀孕的。
对于一些比较小的卵巢巧克力囊肿，有可能会怀孕，怀孕以后，没有月经来潮，卵巢内没有周期性出血，卵巢巧克力囊肿反而会缩小，怀孕对卵巢巧克力囊肿本身是有好处的。但是因为卵巢巧克力囊肿，往往会影响卵巢功能，会影响排卵，所以很容易导致不孕，即使怀孕以后，也可能会增加流产的风险。
所以，如果有卵巢巧克力囊肿，又有生育要求，还是建议先治疗卵巢巧克力囊肿，彻底治疗卵巢巧克力囊肿以后，才能增加受孕几率。有些可以药物治疗，大多数卵巢巧克力囊肿还是需要进行手术治疗，其中腹腔镜下卵巢巧力囊肿剥除，是最常用的一种手术方式。