基底节血肿的治疗可以分为保守治疗和手术治疗。基底节区的血肿若出血量小，可以仅引起颅高压症状以及轻微的对侧肢体偏瘫，一般情况下可以采取保守治疗，两周左右血肿可以基本吸收。
若基底节区的血肿量大于30毫升、中线移位大于1厘米者，有的甚至可能破入脑室引起脑室铸型，则需要行急诊手术治疗，以清除基底节区的血肿。
血肿破入脑室者给予行脑室穿刺血肿外引流术，基底节区血肿术后并发症较多，伴有明显的偏瘫、偏盲及偏身感觉障碍等三偏症状。除了给予降低颅内压、止血、营养脑细胞等治疗外，后期通过高压氧治疗、针灸、按摩、功能康复训练等综合治疗对患者的恢复有明显益处。