肛门内疼痛，可能是痔疮发作、陈旧性肛裂、肛周脓肿等原因引起的。
痔疮在急性发作期时，由于在肛门口形成嵌顿，引起充血、水肿，局部的血液回流不畅，导致肛门发生疼痛、坠胀不适，伴有瘙痒、便血等症状。陈旧性的肛裂由于长时间没有愈合，炎性介质会刺激肛门的神经引起肛门发生疼痛，特别是排便后疼痛感会比较剧烈。
肛周脓肿是化脓性的炎性疾病，会引起肛门疼痛剧烈，皮肤升温有波动感，甚至会发烧。此外，也不排除是肛乳头瘤压迫肛门引起的疼痛。