肺嗜酸细胞组织细胞增生症的患者，其治疗上首先要停用有可能导致过敏的药物，避免接触变应原。
如果是由寄生虫感染而引起的嗜酸细胞增高，还需要予以驱虫治疗。对于部分患者还可以由曲霉菌感染而引起，此时要予以抗霉菌的治疗。对于此类患者多需要使用糖皮质激素的治疗，通常根据病情予以口服泼尼松的治疗。待其病情逐渐缓解，逐渐的减量治疗。部分患者还需要协同免疫抑制剂的治疗。对于使用糖皮质激素治疗效果不佳者，还需要使用羟基脲以降低其嗜酸粒细胞的增高引起的影响，γ-干扰素有时也可以试用。另外，对于此类患者容易形成血栓形成，此时还需要予以相应的抗凝治疗。
其它治疗上主要予以对症处理，例如平喘、祛痰、止咳、止血等治疗。