卵巢早衰引起的并发症比较多。因为卵巢早衰以后，女性体内的雌激素水平会大幅度下降，雌激素下降以后，容易导致女性出现代谢异常、心血管疾病以及骨质疏松。另外，还可能出现一些泌尿系统感染这样的并发症。
因为雌激素如果在血液中降低以后，就会导致骨质的大量流失，从而出现腰背酸痛、四肢疼痛。这种骨质疏松可以引起一些症状，严重的甚至会发生骨折。
另外，由于这时候女性的外阴分泌物减少，从而容易出现同房时外阴干涩、疼痛，泌尿系统可能出现反复感染的情况。