阴茎根部出现真菌感染处理的方法，包括以下几方面：
首先，可以处理阴茎根部及周围的阴毛。因为阴毛上也可能会带有真菌，这样也有利于局部卫生清洗。
其次，可以外用抗真菌软膏。比如复方酮康唑乳膏、盐酸特比那芬乳膏等。在使用这些药膏之前，可以使用生理盐水，或者复方黄柏溶液清洗周围的渗液或分泌物。
另外，真菌感染会有明显的瘙痒症状，要尽量减少搔抓刺激，以避免出现继发性皮损。
最后，要处理治疗其他部位的真菌感染，比如手足癣、股癣等。女方也要共同检查治疗，避免通过性生活再次交叉感染。