有机磷杀虫药中毒在通常情况下，经过积极及时的抢救，并不会留有明显的后遗症。
但是有某些严重的有机磷中毒者，通常会在二到三日以后出现迟发性脑病，病人会有肌肉萎缩、肌肉疼痛、活动受限、肌肉抽搐，同时还有头晕、头痛、无法抬头、四肢瘫软无力、意识短暂性的一过性的不轻。另外还有头晕、头痛等临床症状和反应，这些迟发性的病变通常在重症时，这种后遗症比较常见。
另外也有一部分有机磷中毒的患者，会出现中间综合征，通常是在中毒后的二十四到九十六小时，会出现突然的死亡。