婴儿表皮囊肿可以选择保守或是手术治疗的方式来处理。
如果婴儿的表皮囊肿不大，不影响美观，也没有出现持续增大的表现，可以先不进行处理，保持观察即可。如果表皮囊肿不断增大，就要及时去医院接受手术治疗。如果治疗不及时，囊肿可能会出现破裂、感染，甚至会出现恶变，但是发生恶变的可能性比较低。
手术治疗要尽量根治性切除，否则容易造成复发。如果囊肿感染伴有化脓，需要进行切开排脓。如果囊肿性质发生恶变，需要手术扩大切除，并进行局部放射治疗，降低囊肿复发风险。